Som tidigare nämnts så går det alldeles utmärkt att göra det i Java. Det enda svåra med uppgiften är att hitta "snarlika" strängar, i alla fall om man inte är van vid att arbeta med regex. Men om du kan det så är det lätt som en plätt.
Vill du göra sökningen lite snabbare skulle jag tipsa om att söka igenom filerna parallellt i olika trådar.
Läs på om: Regular Expressions, Filhantering, Threads och Concurrency. För det grafiska räcker det nog med Swing.