• 2
  • 3
2020-01-10, 22:38
  #25
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av Statsbeslag
Det är till stor del av prepperskäl som framgår i "den andra tråden" jag är intresserad av sätt att tillverka PCR-maskin, separeringssystem och så vidare själv. Invändningen om att kunna ändra vilken del av genomet man extraherar gäller dock möjligheten att använda olika primers för att komma åt olika gener, vilket gör det extra viktigt att kunna tillverka och separera primers själv. Därmed är det relevant med tekniker för att av "vardagsråvaror" kunna tillverka saker för att separera och rena mycket korta gensekvenser på cirka 20 baspar, samt att separationen ska kunna skilja oligonukleotider med samma längd men olika sekvens åt så att man får rätt primer ur ett sönderslaget genom.

Jag har gett ett svar i tråden på ett sätt att extrahera DNA ur genomet.
Om du vill försöka isolera dina primers från genomiskt DNA så som du beskriver ovan kan jag bara säga lycka till. Det är näst intill omöjligt... Har du inte tillräckligt med erfarenhet för att utföra genteknik med dagens metoder kommer det bli extremt svårt att göra i det du kallar prepper-stil, tyvärr.
Citera
2020-01-14, 09:02
  #26
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av LuigiCantenozzi
Jag har gett ett svar i tråden på ett sätt att extrahera DNA ur genomet.
Om du vill försöka isolera dina primers från genomiskt DNA så som du beskriver ovan kan jag bara säga lycka till. Det är näst intill omöjligt... Har du inte tillräckligt med erfarenhet för att utföra genteknik med dagens metoder kommer det bli extremt svårt att göra i det du kallar prepper-stil, tyvärr.
Jag ser förvisso vissa nackdelar med att slå sönder hela genomet. Då kommer det med väldigt många sekvenser, medan en primer ska vara en liten del av just den gen den är avsedd för. Jag frågar nu om alternativa sätt att minska urvalet så att det blir mindre tidsödande att rena fram rätt primer vid framställning av primers. Skulle det fungera med tvåstegs elektrofores där den första sorterar större gener och den andra sorterar oligonukleotider som framställs genom att slå sönder rätt gen som isolerades i första steget?

Alternativa protokoll för framställning av alternativa geler och liknande för elektrofores av icke specialsålda vardagsråvaror efterfrågas.
Citera
2020-01-14, 13:04
  #27
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av Statsbeslag
Skulle det fungera med tvåstegs elektrofores där den första sorterar större gener och den andra sorterar oligonukleotider som framställs genom att slå sönder rätt gen som isolerades i första steget?

Nej. För det första så behöver du hitta en metod som har förmåga att sönderdela genomet i 20 baspar långa fragment. Jag har inga tips på hur du åstadkommer det ens med modern teknik. Visserligen är det inget jag själv behövt göra särskilt ofta. Med hjälp av "sonication" kan du få fragment på 500-1000 baser skulle jag tro. DNase äter ju upp hela DNAt så det kommer inte heller hjälpa dig.

För det andra kommer det vara antagligen vara omöjligt för dig att hitta rätt sekvens i soppan om du skulle lyckas, oavsett hur många elektroforeser du gör. Du kommer ju inte på något sätt selektera för sekvens, enbart längd.
Om du refererar till 2D-elektrofores så är det för proteiner, då dessa först sorteras per storlek, därefter iso-elektrisk punkt. DNA kan enbart sorteras per storlek.
Citera
2020-01-15, 10:36
  #28
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av LuigiCantenozzi
Nej. För det första så behöver du hitta en metod som har förmåga att sönderdela genomet i 20 baspar långa fragment. Jag har inga tips på hur du åstadkommer det ens med modern teknik. Visserligen är det inget jag själv behövt göra särskilt ofta. Med hjälp av "sonication" kan du få fragment på 500-1000 baser skulle jag tro. DNase äter ju upp hela DNAt så det kommer inte heller hjälpa dig.

För det andra kommer det vara antagligen vara omöjligt för dig att hitta rätt sekvens i soppan om du skulle lyckas, oavsett hur många elektroforeser du gör. Du kommer ju inte på något sätt selektera för sekvens, enbart längd.
Om du refererar till 2D-elektrofores så är det för proteiner, då dessa först sorteras per storlek, därefter iso-elektrisk punkt. DNA kan enbart sorteras per storlek.
Men hur framställs då primers? Svarar du på det lär någon kunna komma på ett sätt att antingen kopiera metoderna med annan utrustning eller ersätta dem med analoga metoder.
Citera
2020-01-15, 11:03
  #29
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av DjILY
Lite oklart vad du menar. Varför fungerar inte PCR med primers för den gen du vill åt?

Eller menar du att genens sekvenser är helt okända?
För övrigt är det användbart med sätt att tillverka egna primers. Vet du något sådant, eller kanske något eller några delmoment i en sådan process?
Citera
2020-01-15, 16:02
  #30
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av DjILY
Primers beställer man från en leverantör som specialiserar sig på primers.
Eller så tar man reda på hur tillverkningen går till. Vet du hur?
Citera
2020-01-16, 14:15
  #31
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av Statsbeslag
Eller så tar man reda på hur tillverkningen går till. Vet du hur?

Primers går att tillverka själv, med rätt utrustning. Om du googlar på "synthesize oligonucleotides" så har wikipedia en godtagbar översikt.

Jag har mycket svårt att se hur detta skulle gå att göra i "prepperstil" som du efterfrågar.

Jag förstår inte riktigt vad du vill få ut av dina gentekniska experiment. Om du vill förändra proteiners funktion skulle kanske CRISPR/Cas vara mer behjälpligt. Men i prepperstil kommer även det vara svårt.
Citera
2020-01-17, 09:04
  #32
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av LuigiCantenozzi
Jag förstår inte riktigt vad du vill få ut av dina gentekniska experiment. Om du vill förändra proteiners funktion skulle kanske CRISPR/Cas vara mer behjälpligt. Men i prepperstil kommer även det vara svårt.
Jag är inte bara ute efter att göra ett specifikt experiment. Jag är ute efter en genteknisk verktygslåda som går att använda utan dagens tillverkningssystem.
Citera
2020-01-17, 11:22
  #33
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av LuigiCantenozzi
Primers går att tillverka själv, med rätt utrustning. Om du googlar på "synthesize oligonucleotides" så har wikipedia en godtagbar översikt.
En översikt ja, men var får man tag på olika protokoll för de olika metoderna som används eller har använts? Att jämföra flera, både historiska och moderna, skulle underlätta att ersätta de olika stegen med något som inte kräver en industriell bas. Improviserbarheten är mer värd än den automatisering som Wikipedias översikt värderar.
Citera
2020-01-21, 09:28
  #34
Medlem
Citat:
Ursprungligen postat av LuigiCantenozzi
Jag har mycket svårt att se hur detta skulle gå att göra i "prepperstil" som du efterfrågar.
Med det menas utan specialtillverkade delar. Att göra det av delar som går att hitta efter en stor katastrof.
Citera
  • 2
  • 3

Skapa ett konto eller logga in för att kommentera

Du måste vara medlem för att kunna kommentera

Skapa ett konto

Det är enkelt att registrera ett nytt konto

Bli medlem

Logga in

Har du redan ett konto? Logga in här

Logga in